《南通大学学报（医学版）》原为《南通医学院学报》，1981年创刊，原刊号CN 32-1142/R， ISSN 1000-2057，季刊。南通大学组建后，2005年第1期起改现刊名。2009年，经国家新闻出版总署批准，《南通医学院学报》更名为《南通大学学报（医学版）》，刊号为CN 32-1807/R ，ISSN 1674-7887。由季刊改为双月刊，每期80页。南通大学主办，江苏省教育厅主管，国内外公开发行。现为江苏省一级期刊及统计源期刊，中国医学文摘系列、中国药学文摘、中文科技资料目录—医药卫生和中医药等收录期刊；中国期刊全文数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、中国学术期刊综合评估数据库源期刊。本刊设有基础研究、临床研究、研究简报、技术方法、调查报告、病例报告、文献综述等栏目。